Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci...
K Ashi, Dawn a Brockovi se připlete roztomilý Pokémon Shaymin, který nevědomky zhatil Giratině, strážkyni Opačného světa, plán pomstít se Dialze. Shaymin se potřebuje dostat do Květinové zahrady na slavnosti za svými druhy, kteří odtamtud odlétají. Jenže to netuší, že po...