Ash, Pikachu a jeho přátelé se snaží zastavit dvojici zlodějů, kteří se ukrývají v kanálech a uličkách Altomare, odvěkého hlavního města vod. K dobrodružství se přidávají dva noví legendární pokémoni, dvojice sourozenců Latias a Latios, kteří slouží jako strážci...
Po poslední bitvě zůstala Mekagojira (Kiryu) mimo provoz. Gojira skončila sice na dně moře, ale zlikvidovat se ji nepovedlo. Vědec Yoshito Chujo dostane za úkol Kiryu co nejrychleji opravit, ale její nejděsivější zbraň „Absolute Zero“ je nenávratně zničena. Aby toho nebylo...
