Příběh filmu se odehrává v období po druhé světové válce, kdy je Japonsko na dně svých sil. Jenomže z jaderného spadu Hirošimy a Nagasaki povstává velké monstrum jménem Godzilla, která zaútočí pár týdnů po skončení války a dostane Japonsko ješte do větších...
Píše se rok 2199 a Země je zdecimována pětiletým bojem s nepřátelskými Gamillany. Jejich atomové zbraně zamořily zemský povrch a vyhubily většinu lidstva. Přeživší se skrývají v podzemním světě, ale ani zde nejsou v bezpečí. Úroveň radiace se neustále zvyšuje a naděje...
Mladá Milly je poslána z roku 2084 do roku 2002, aby zabila mimozemského vetřelce, který rozpoutá válku, která zničí lidstvo. Připlete se do cesty Mijamotovi, který už několik let jde po mafiánovi Mizogučim. Ten obchoduje s orgány malých dětí a má na svědomí smrt Mijamotova...
