Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.
Píše se rok 2006. Adamovi je 17, žije s rodiči na malém městě a zatím se mu moc nedaří být cool ani bodovat u holek. Když ho starší sestra Casey pozve, ať s ní stráví letní prázdniny v New Yorku, je nadšený – třeba se na něj konečně usměje štěstí. Rychle ale...
