Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.
Neil a Abby Warnerovi maji perfektní život a perfektní manželství. Se svojí překrásnou dcerou Sophií žijí svůj americký sen… až do dneška. Sophie je totiž náhle unesena a oni nemají žádnou jinou možnost než vyhovět únoscovým požadavkům. Únosoce Ryan, chladnokrevný a...