Clannad se odehrává na střední škole v nějakém japonském městě. Okazaki Tomoya je student třetího ročníku, který své studium nebere vážně. Vždy chodí pozdě na vyučování a ostatní spolužáci, kteří jsou zaneprázdněni přípravou na přijímací zkoušky, ho považují...
Velkolepá cesta mladého hrdiny, který se nedobrovolně ocitne v tajemné minulosti plné příšer, draků a podivných skrytých sil. Jun, nesmělý středoškolák, se díky řadě bitev a dobrodružství, které se vymykají tomuto světu, mění v hrdinu předurčeného k boji se zlem a k...