Druhé pokračování trilogie Matrix nás opět zavede do temného světa budoucnosti ovládaného stroji. Lidstvo stále trpí v otroctví virtuální reality, z kterého ho může osvobodit jen Vyvolený. Nea s Morpheem a Trinity čeká boj s armádou strojů a jejich arzenálem počítačově...
Příběh zachycuje život psychologa (Adrien Brody), v jehož životě zavládne značný chaos, když zjistí, že všichni z jeho pacientů jsou ve skutečnosti duchové lidí, kteří zemřeli při nehodě před dvaceti lety.
