Ve společenstvu duší (Soul Society) má speciální jednotka problémy s mezidimensionálními průzkumníky, kteří záhadně zemřeli v průchodu mezi světy. Při této události se najednou nad Seireitei objevuje obraz do města ve světě lidí - Karakura. Tam hlavní hrdina celého anime...
Širo Emija je mladý mág, který navštěvuje akademii Homurahara ve městě Fuyuki. Jednoho dne po úklidu školního lukostřeleckého dódžó zahlédne souboj nadlidských bytostí a zapojí se do Války o svatý grál, rituálu, v němž proti sobě bojují mágové zvaní Mistři se svými...
Pátá válka o svatý grál pokračuje a následný chaos přináší všem účastníkům vyšší sázky. Shirou Emiya se nadále účastní války a usiluje o to, aby se stal hrdinou spravedlnosti, který všechny zachrání. Vydává se hledat pravdu o tajemném temném stínu a jeho...
Sakura se utápí v temnotě hříchů, které spáchala, a Shirouův slib, že ji bude za každou cenu chránit, ho přivádí do zuřivé bitvy o ukončení války o svatý grál. Dosáhne Shirouovo přání Sakury, i když se v zoufalé bitvě proti sílícímu přílivu postaví samotnému...
